有關費率之訂定，主要係考量事業廢水污染防治成本訂之。另基於公平簡單原則，徵收初期以固定費率為基礎設計，對於水環境衝擊較高且較難處理之污染物，則賦予較高費率。各徵收項目費率之決定，需經由「水污染防治費費率審議委員會」進行專業審議。