以網路申報為主，事業及污水下水道系統須至「事業及污水下水道系統水污染防治費申報暨查詢系統」填具水污染防治費申報書及列印繳款單，向中央主管機關指定金融機構代收專戶繳納水污染防治費後，即完成申報作業。除報經中央主管機關同意者，得以書面方式進行申報。