水污染防治費係藉由「污染者付費」的經濟誘因機制，對排放廢(污）水至河川等地面水體者，依其排放污染物的量，徵收費用，以促使減少污染排放量。因排放量越低者，繳費越少，所以有促使污染源加強改善污染防治設備，進行廠內改善和製程減廢等污染減量的正面意義。