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如果因為停工或歇業時要如何申請停徵水污費？
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依據水污染防治費收費辦法第16條第3項之規定：「事業及污水下水道系統因歇業、污染源設備拆除或其他因素致無須繳納水污染防治費者，當期繳納日數以該期實際運作日數計之，並得於事實發生之日起三十日內，檢具相關證明文件，經直轄市、縣（市）主管機關認定後，向中央主管機關辦理結算及停徵作業。」。
環境部已於107年5月22日公告，自107年7月1日起，委辦直轄市、 縣（市）主管機關辦理水污染防治費申報案件之結算停徵作業，其申請流程如下：
1.申請解列：檢具歇業、污染源設備拆除、納管、貯留、未達列管規模及共同處理等之相關證明文件向縣
市環保局提出申請。
2.提出水污費結算申請，需檢具下列文件向縣市環保局提出申請：
- 水污染防治費結算及停徵應檢附資料檢核表（表單下載：申請水污染防治費結算及停徵應檢附資料檢核表）。
- 當期水污費書面申報書（表單下載：水污染防治費書面申報表「事業及污水下水道系統」、「畜牧業 (另開新視窗)」)；如於申報期間，則逕至申報系統完成當期水污費申繳作業。
- 水污費申報相關佐證資料，包含：累計型計量設施抄錶記錄、水質檢測報告、停工日期證明文件、運作日數證明文件，水利局納管證明、畜牧業養豬頭數記錄表等；若前期申報資料尚未經環保部通知審核完成者，應一併檢附前期申報資料之相關佐證資料。
3.繳納費用：依據縣市環保局提供之繳款單於期限內完成繳費。